药学院（中药学院）是学校重点打造的高水平示范学院，拥有75年药学办学历史，积累了丰富的办学经验，累计为国家培养了八万余名高素质技术技能型药学专业人才，学院综合实力、办学水平、专业规模、团队建设、教学条件、科研平台及社会服务能力建设位居全国同类院校第一。自“金平果”（中评榜）2020年增加高职专业评价开始，我校在药学类专业综合竞争力评价连续六年全国排名第一；2022-2025年，药学专业群连续四年等级定位为5星，在全国同类型专业群中排名第一，药学、药品质量与安全、制药设备应用技术三个专业位列高职专业竞争力排行榜全国榜首。
学院开设药学、药品生产技术（药物制剂技术、生物制药技术、中药制药方向）、中药学、药品质量与安全、药品经营与管理、制药设备应用技术等6个专业及3个专业方向，以及药物分析本科联合培养专业，有在校生4028人。药学专业是首批中国特色高水平高职学校和专业建设计划（简称“双高计划”）建设高水平专业群的龙头专业，是首批全国职业院校健康服务类药学专业示范点。学院拥有药学、药品生产技术、中药学、药品质量与安全4个国家级骨干专业，中药药剂学等2个重庆市重点学科。牵头全国47家院校及单位建成了国家级职业教育“药学专业教学资源库”，为全国6180多家单位提供了海量优质教学资源，用户总量超60万人。学院荣获2018年、2022年国家教学成果二等奖各1项，2017年、2022年重庆市教学成果一等奖各1项。
学院师资力量雄厚，拥有一支紧贴行业需求的高水平专兼结合“双师”教学团队。学院现有专任教师107人，博士生导师1人，硕士生导师4人，博士学位教师29人（占比22.5%），高级职称教师50人，其中正高（教授）11人，医药行（企）业精英兼职老师187人。学院拥有教育部首批认定的全国职业院校教师教学创新团队、全国巾帼文明岗等国家级团队3个，重庆英才·创新创业团队、重庆市高校黄大年式教师团队、重庆市课程思政教学团队、重庆市高校创新研究团体等省级团队11个。全国优秀教师、全国志愿服务优秀个人、全国卫生健康行指委药学类专委会副主任委员，重庆市首批职业教育中青年领军人才、重庆市教书育人楷模、重庆市师德先进个人、重庆市五一巾帼标兵、重庆市黄炎培杰出教师、重庆市“最美教师”、重庆市中青年医学高端人才、重庆市“德技双馨之星”、教育部全国职业院校信息化教学大赛一等奖、2023（首届）成渝地区双城经济圈职业教育国际化微课教学大赛总决赛一等奖、全国高职高专药品（药学）类专业说课竞赛一等奖和二等奖、重庆市教学能力大赛二等奖和三等奖、全国食品药品职业教育教学指导委员会云课堂教学比赛特等奖、坦桑尼亚国家课程标准和课程资源开发项目“突出贡献奖”、重庆市教育科学研究优秀成果二等奖、第四届重庆市高等教育研究与教学改革优秀论文评选活动一等奖、“巴渝工匠”杯重庆市第三届工业设计职业技能竞赛工业设计工艺师（工业设计技术）赛项（职工组）二等奖等省部级以上荣誉40余人次。指导学生获“创青春”首届全国卫生健康行业青年创新大赛金奖、国际互联网+大学生创新创业大赛国赛铜奖等省部级以上双创竞赛奖项78项。获全国技能大赛药学技能赛项一等奖等省部级及以上技能竞赛类奖项66项。获国家奖学金等省部级以上荣誉类奖项1565人次。获第四届中国青年志愿服务项目大赛金奖和全国“三下乡”优秀团队奖等奖项。
学院教学实训条件先进，设施设备完善。药学实训中心占地22000平方米，教学设备资产累计达4000余万元。拥有2个国家级生产性实训基地（模拟GMP实训药厂、临床药学实训中心），2个中央财政支持职业教育实训基地（药学专业、药物制剂技术专业），1个重庆市财政支持生物制药技术实训基地，1个重庆制造业设计培训基地。建有省级现代产业学院、省级制造业设计培训基地和省级示范性职工培训基地。同时拥有国家中医药科研二级实验室——中药质量检测实验室、重庆市药物制剂技术工程研究中心、毒性中药给药系统重庆市重点实验室、重庆市药品安全科普中心、重庆市生物医药产教联合体、静脉药物配置中心、模拟智能化医院药房、虚拟仿真药学实训平台、药用植物园及重庆市首批示范生物医药众创天地等教学实训、科研、科普、社会服务平台，建有全国第四批“1+X”药物制剂生产职业技能等级证书全国总站点和师资培训总基地。
学院在教学、科研和社会服务领域发展势头强劲。拥有国家级精品课程及精品资源共享课程5门，省级精品课程、精品视频公开课程和一流课程29门。学院建有省级科研团队3个，分别是重庆市创新研究群体（《新型2-碳键杂环类头孢菌素共性技术平台》）、重庆市“揭榜挂帅”项目（《注射用新型制剂共性技术平台》）、重庆英才.创新创业团队（《兽药研发应用与创新创业团队》）2024年获批国家二类新兽药证书2个。近年来获批国家自然科学基金项目2项；获重庆市科学技术奖3项、重庆市优秀教育科研成果2项。学院教师主持科研项目466项（国家级2项，省部级128项），重庆市市域产教联合体“揭榜挂帅”项目1项；主编国家规划教材19本。服务教学改革，促进教材改革与创新；发表教科研论文433篇（SCI收录113篇），授权专利306项（发明专利92项），获得重庆市科技进步奖3项、重庆市优秀教育技术科研二等奖1项、重庆市卫健委医学科技成果奖1项。
学校是教育部高职高专骨干教师培训联盟团体会员单位，成功举办了药学（药学服务方向）、药物制剂技术、药品质量检测技术、药品经营与管理、中药类等5个专业骨干教师国家级培训项目。学院作为国家级和省部级示范性培训基地，承担了中央财政部、卫生部“重大公共卫生服务项目——重庆市基层医疗机构药学骨干临床合理用药知识集中培训、承接了全国药物制剂生产1+X证书培训、职业院校素质提升计划培训、省级制造业设计培训、执业药师考前培训和企业员工培训等项目，获得参训单位和学员的一致好评。
学院与世界领军药企美国辉瑞制药有限公司、亚洲头部企业的江苏恒瑞医药、全国500强大型上市药企（国药太极集团、华森制药、药友制药等）、大型医药公司及知名连锁药房（九州通医药集团、桐君阁连锁大药房、健之佳健康药房）等100余家药品生产企业、医药公司、连锁药房、科研院所开展深度合作。与重庆国际生物城牵头成立重庆市生物医药产教联合体，校企合作共建了“药友学院”“辉瑞学院”“恒瑞学院”“太极学院”“鲁南学院”“华森学院”“鸿翔学院”“华博学院”“健之佳学院”等11所产业学院，实施人才订单培养，学生毕业后直接到企业就业。与重庆市万和药房连锁有限公司合作开展省级中药学专业现代学徒制试点项目；拥有直属附属医院1所、共建共管附属医院1所、非直管附属医院14所、教学医院17所及156家大型上市制药企业、医药公司、三甲医院和科研院所等校外实训基地。
药学类专业学生就业面涉及药物研发、生产、检测、流通和使用等多个领域。学生主要实习就业单位包括重庆医药高等专科学校附属医院、四川大学附属华西第二医院，陆军军医大学第一附属医院、第二附属医院、第三附属医院，重庆医科大学附属一院、附属二院、附属儿童医院，重庆大学附属肿瘤医院、重庆市中医院、四川省肿瘤医院、四川科伦药业、西南药业、重庆药友制药、重庆华邦制药、珠海联邦制药、广州白云山制药、重庆市食品药品检验检测研究院、重庆市中药研究院、重庆市药物种植研究所等大型三甲医院和上市医药企业及科研院所。近五年，毕业生去向落实率达99%以上，对口率96.77%，毕业生入职全球500强、全国医药工业100强、三级医疗机构中就业率27.17%.人才培养质量受到用人单位和社会一致好评，用人满意度达98.42%.
学校与重庆医科大学、重庆科技大学等16所本科院校共同搭建“专升本”平台。与重庆科技大学开展制药设备应用技术专业专本贯通分段培养、与重庆第二师范学院开展药物分析专业专升本联合培养项目，拓宽学生发展途径，专升本率逐年递增。学校加强国际交流与合作，为学生搭建多元化上升平台。与乌干达布斯提玛大学共建中乌药学专业鲁班工坊和海外分院，并与英国斯旺西大学、爱尔兰大西洋理工大学（原爱尔兰斯莱戈理工学院）、爱尔兰阿斯隆理工学院等多所国（境）外知名院校开展全方位合作，与爱尔兰阿斯隆理工学院共同开展中爱国际药学“2+2”专本联合培养项目，2022年成功获批与爱尔兰大西洋理工大学合作举办药学专业高等专科学历教育项目，学生达到相应毕业要求可获得双方共同颁布的专科（高职）毕业证书。2024年药学院（中药学院）2024级中爱合作班顺利招生，两年共计招收85名学生，持续推进与爱尔兰大西洋理工大学联合办学项目。2024年分别新招收老挝留学生24名，塔吉克斯坦留学生5名。